La particolarità di questa cartella era di essere compilata runtime automaticamente mettendo a disposizione di tutte le pagine aspx le classi contenute.
Forte di questa esperienza ho creato una classe che facesse da pagina base per tutte le altre pagine del sito. Con visual studio 2008 la cosa non funziona così facilmente. E' necessario dire al compilatore che quello specifico file nella cartella App_Code deve essere compilato. La soluzione è semplice, tasto destro sul file sorgente, proprietà e infine scegliere nella build action l'opzione Compile.
